Fin dalle sue origini la Guardia di Finanza svolge funzioni di polizia doganale a tutela degli interessi fiscali e finanziari del Paese e, con la nascita dell'Unione Europea, anche del mercato interno comunitario.

Come polizia economico-finanziaria, il Corpo contrasta le frodi che violano gli obblighi doganali e sottraggono risorse al bilancio dello Stato e dell'Unione Europea, oltre ai traffici di prodotti illeciti o nocivi per la salute dei cittadini. I controlli vengono effettuati nei porti, negli aeroporti e ai valichi di confine, oltre che sul territorio nazionale, con finalità sia preventive sia repressive. Per le forme più gravi di contrabbando, la Guardia di Finanza svolge indagini di polizia giudiziaria per smantellare le organizzazioni criminali e sequestrarne i profitti.

Particolare impegno è dedicato al contrasto del contrabbando di tabacchi lavorati, che causa ingenti perdite di gettito erariale e mette a rischio la salute dei consumatori, in particolare con sigarette di bassa qualità non conformi agli standard europei. Il Corpo partecipa inoltre alle operazioni di cooperazione internazionale (Joint Customs Operations) promosse da OLAF, EUROPOL e Organizzazione Mondiale delle Dogane, in stretta collaborazione con l'Agenzia delle dogane e dei monopoli.

La Guardia di Finanza è infine competente per i controlli doganali su flora e fauna protette dalla Convenzione di Washington (C.I.T.E.S.) sul commercio internazionale delle specie in via di estinzione.